A logo do Instituto José Berkenbrock (IPE) foi desenvolvida com base na Missão, na Visão e nos Valores da organização, dando destaque para o seu papel na inclusão social, na valorização do ser humano e da vida, na cidadania e nos Direitos Humanos.

A letra I, na sigla IPE, simboliza o caule de um ipê, enquanto a forma amarelada representa as flores da árvore.

Os bonecos em verde simbolizam a esperança do ser humano que, com os braços elevados aos céus, agradece. Seu formato de cruz remete à fé. A figura humana maior, em verde escuro, protege a menor, em verde claro, retratando o zelo pelos mais vulneráveis e a inclusão social através da capacitação. Para finalizar, o nome “Instituto José Berkenbrock” vem abaixo de tudo, dando sustentação e suporte.